CP2K

CP2K是一个量子化学和固态物理软件包，可以对固态，液态，分子，周期性，材料， 晶体和生物系统进行原子模拟。CP2K为不同的建模方法提供了通用框架。支持的理论 水平包括DFTB，LDA，GGA，MP2，RPA，半经验方法（AM1，PM3，PM6，RM1， MNDO等）和经典力场（AMBER，CHARMM等）。CP2K可以使用NEB或二聚体方法 进行分子动力学，元动力学，蒙特卡洛，埃伦菲斯特动力学，振动分析，核心能谱， 能量最小化和过渡态优化的模拟。 支持模板提交和命令行提交两种作业运行方式，具体方法如下：

模版提交

1. 您可以通过如下几个入口进行模板提交作业

   1）入口一：控制台页面点击作业提交，选择CP2K软件
   2）入口二：我的商品-应用软件菜单，选择CP2K软件

2. 选择已开通区域对应的资源，填写相应的配置信息后，提交模版作业
   【注意】根据任务申请的核数分配内存，核心/节点表示单节点使用的核数，最多不超过单节点总核数，可以点击队列下方的详情查看单节点配置的总核数。 1）选择合适的计算资源后，再通过本地上传或者文件选择器选择文件，此处填写参数需要注意以下几点：
   a.作业名称一般为默认，可按需求修改；
   b.版本为安装软件的可执行程序路径；
   c.核心/节点为每节点核数，与节点数相乘即为作业使用总核数；
   d.作业时限为作业运行最大时长，作业超时即自动退出（即将超时但还在运行中的任务可以进行延时操作：在作业管理找到对应的作业号，点击作业号，在运行时限处点击延长来延长任务运行时间）；
   e.工作目录默认为输入文件所在目录；
   2）点击提交作业

3. 作业提交成功后，查看作业详情
   1）模版提交作业后可查看运行的作业详情
   2）也可以通过作业管理入口，查看当前作业和历史作业 点击作业ID，查看具体的作业详情

命令行提交

1. 您可以通过如下几个入口命令行提交作业
   1）入口一：控制台页面点击作业提交，选择CP2K软件 2）入口二：我的商品-应用软件菜单，选择CP2K软件

2. 切到用户家目录下，编写job_GENERAL.slurm文件
   如下是一个参考文件

       #!/bin/bash 
       #SBATCH -J CP2K_1123_174452 #作业名称
       #SBATCH -p kshcnormal #队列名称
       #SBATCH -N 1 @节点数量
       #SBATCH --ntasks-per-node=32 #每节点核心数
       #SBATCH --time 72:00:00
       #SBATCH --comment=CP2K 
       #SBATCH -o std.out.%j
       #SBATCH -e std.err.%j
       ###SBATCH -o 
       ###SBATCH -e 
   
       ### Run APP
       # MARK_CMD  #Don't delete this line!!!
       #!/bin/bash
       ## job script created by Gridview
       # MARK_BASH #Don't delete this line!!!
       echo The end time is: `date +"%Y-%m-%d   
       %H:%M:%S"` | tee -a $LOG_FILE

3. 通过sbatch命令提交作业

4. 通过squeue命令查看作业运行情况 squeue
   

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看SLURM命令。

结果文件下载请查看数据传输。