LAMMPS

LAMMPS 是大规模经典分子动力学代码，代表大规模原子/分子大规模并行模拟器。LAMMPS 具有用于软材料（生物分子、聚合物）、固态材料（金属、半导体）和粗粒度或细观系统的潜力。它可用于对原子进行建模，或者更一般地说，它可用作原子、中观或连续介质尺度上的平行粒子模拟器。 支持模板提交和命令行提交两种作业运行方式，具体方法如下：

模版提交

1. 您可以通过如下几个入口进行模板提交作业

   1）入口一：控制台页面点击作业提交，选择Lammps软件
   2）入口二：我的商品-应用软件菜单，选择Lammps软件

2. 选择已开通区域对应的资源，填写相应的配置信息后，提交模版作业
   【注意】根据任务申请的核数分配内存，核心/节点表示单节点使用的核数，最多不超过单节点总核数，可以点击队列下方的详情查看单节点配置的总核数。 1）选择合适的计算资源后，再通过本地上传或者文件选择器选择文件，此处填写参数需要注意以下几点：
   a.作业名称一般为默认，可按需求修改；
   b.版本为安装软件的可执行程序路径；
   c.核心/节点为每节点核数，与节点数相乘即为作业使用总核数；
   d.作业时限为作业运行最大时长，作业超时即自动退出（即将超时但还在运行中的任务可以进行延时操作：在作业管理找到对应的作业号，点击作业号，在运行时限处点击延长来延长任务运行时间）； e.工作目录默认为输入文件所在目录；
   2）点击提交作业

3. 作业提交成功后，查看作业详情
   1）模版提交作业后可查看运行的作业详情 2）也可以通过作业管理入口，查看当前作业和历史作业 点击作业ID，查看具体的作业详情

命令行提交

1. 您可以通过如下几个入口命令行提交作业
   1）入口一：控制台页面点击作业提交，选择Lammps软件

2）入口二：我的商品-应用软件菜单，选择Lammps软件

2. 切到用户家目录下，编写job_Lammps.slurm文件

如下是一个参考文件

    #!/bin/bash 
    #SBATCH -J LAMMPS_1107_102204  #作业名称
    #SBATCH -p kshcnormal  #队列
    #SBATCH -N 4  #计算节点数
    #SBATCH --ntasks-per-node=32 #每节点进程数
    #SBATCH --time 72:00:00
    #SBATCH --comment=LAMMPS
    #SBATCH -o std.out.%j
    #SBATCH -e std.err.%j

    #Run LAMMPS
    if [[ -z $NGPU ]] || [[ $NGPU -eq0]];then     
    OPT_GPU="" ; fi
    if [[ -n $NGPU ]] && [[ $NGPU -ge1]];then 
    OPT_GPU="-sf gpu -pk gpu $NGPU" ; fi
    cd $WORK_DIR
    #module load compiler/intel/intel-
    compiler2017.5.239mpi/intelmpi/2017.4.239
    module purge
    echo $MODULE_ENV > $MIDFILE_DIR/app.env
    sed -i 's/_USER_COLON_SIGN_IN_GV_/:/g' 
    $MIDFILE_DIR/app.env
    source $MIDFILE_DIR/app.env
    mpirun $APP $OPT_GPU -in $IN_INPUT_FILE 
    2>&1 | tee -a $LOG_FILE
    echo The end time is: `date +"%Y-%m-%d 
    %H:%M:%S"` | tee -a $LOG_FILE

3. 通过sbatch命令提交作业
   

   

4. 通过squeue 命令查看作业运行情况 squeue

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看SLURM命令。

结果文件下载请查看数据传输。