GROMACS

GROMACS 是一种分子动力学应用程序，可以模拟具有数百至数百万个粒子的系统的牛顿运动方程。GROMACS旨在模拟具有许多复杂键合相互作用的生化分子，例如蛋白质，脂质和核酸。 支持模板提交和命令行提交两种作业运行方式，具体方法如下：

模版提交

1. 您可以通过如下几个入口进行模板提交作业 1）入口一：控制台页面点击作业提交，选择GROMACS软件
   2）入口二：我的商品-应用软件菜单，选择GROMACS软件

2. 选择已开通区域对应的资源，填写相应的配置信息后，提交模版作业
   【注意】根据任务申请的核数分配内存，核心/节点表示单节点使用的核数，最多不超过单节点总核数，可以点击队列下方的详情查看单节点配置的总核数。 1）选择合适的计算资源后，再通过本地上传或者文件选择器选择文件，此处填写参数需要注意以下几点：
   a.作业名称一般为默认，可按需求修改；
   b.版本为安装软件的可执行程序路径；
   c.核心/节点为每节点核数，与节点数相乘即为作业使用总核数；
   d.作业时限为作业运行最大时长，作业超时即自动退出（即将超时但还在运行中的任务可以进行延时操作：在作业管理找到对应的作业号，点击作业号，在运行时限处点击延长来延长任务运行时间）；
   e.工作目录默认为输入文件所在目录；
   2）点击提交作业

3. 作业提交成功后，查看作业详情
   1）模版提交作业后可查看运行的作业详情 ! 2）也可以通过作业管理入口，查看当前作业和历史作业 点击作业ID，查看具体的作业详情

命令行提交

1. 您可以通过如下几个入口命令行提交作业
   1）入口一：控制台页面点击作业提交，选择GROMACS软件 2）入口二：我的商品-应用软件菜单，选择GROMACS软件
2. 切到用户家目录下，编写job_GROMACS.slurm文件

如下是一个参考文件

  #!/bin/bash 
  #SBATCH -J GROMACS_1123_170211 #作业名称
  #SBATCH -p kshcnormal #队列名称
  #SBATCH -N 4 #节点数量
  #SBATCH --ntasks-per-node=32 #每节点核心数
  #SBATCH --time 72:00:00
  #SBATCH --comment=GROMACS
  #SBATCH -o std.out.%j
  #SBATCH -e std.err.%j

  ### Run LAMMPS
  if [[ -z $NGPU ]] || [[ $NGPU -eq 0 ]];then OPT_GPU="" ;   
  fi
  if [[ -n $NGPU ]] && [[ $NGPU -ge 1 ]];then OPT_GPU="-nb 
  gpu" ; fi
  cd $WORK_DIR
  #module load compiler/intel/intel-compiler-2017.5.239
  mpi/intelmpi/2017.4.239
  module purge
  echo $MODULE_ENV > $MIDFILE_DIR/app.env
  sed -i 's/_USER_COLON_SIGN_IN_GV_/:/g'
  $MIDFILE_DIR/app.env
  source $MIDFILE_DIR/app.env
  mpirun  -np "$SLURM_NPROCS" $APP $OPT_GPU mdrun -ntomp 1 
  -v -deffnm $FileName 2>&1 | tee -a $LOG_FILE
  echo The end time is: `date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"` | tee -
  a
  $LOG_FILE

3. 通过sbatch命令提交作业

4. 通过squeue 命令查看作业运行情况 squeue

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看SLURM命令。

结果文件下载请查看数据传输。