命令行方式

一、命令行[E-Shell]介绍

E-Shell是一个web版的linux终端，如下图所示：

• 点击文件管理按钮（①） 可以进入您的文件夹；

• 调指令工具按钮 （②）中提供了SLURM常用命令、组合键快捷操作；

• 点击ssh连接按钮（③），可以获取主机、端口、用户名和密钥等信息；

• 点击客服按钮（④） 进行在线咨询联系我们。

• 点击设置按钮（⑤） 可以设置您的主题、字体及字号大小；

• 点击帮助按钮（⑥），查看E-Shell帮助文档；

• 如果遇到命令执行卡顿，可以通过节点选择按钮（⑦）切换登录节点；

• 如果遇到ssh登录问题，可以通过 恢复环境（⑧）后再尝试登录；

二、命令行提交作业

您可以在E-Shell中提交作业（以vasp软件计算结构优化为例）

2.1 准备输入文件及脚本

进行VASP优化计算时，需要准备以下五个关键文件：

POSCAR：文件提供了计算模型的原子结构信息，包括晶胞参数和各原子的坐标位置，是VASP进行结构分析和优化的主体。

INCAR：文件定义了VASP计算的任务类型及计算参数，指导VASP进行何种物理性质的计算以及如何执行这些计算。

KPOINTS：文件包含了计算所需的K点网格信息，K点是在布里渊区内对电子态进行采样的点。

POTCAR：文件包含了计算过程中每个原子所使用的赝势信息。

提交脚本：命令行运行VASP计算，需要编写一个提交脚本（软件下单完成自带脚本可见软件安装部分），该脚本包含了调用计算所需资源和环境、运行VASP可执行文件等相关内容，可使用该脚本投递作业到脚本中指定的计算资源。vasp软件安装脚本如下：

2.2 上传输入文件

请建立文件夹并传入INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS四个输入文件

并将提交脚本vasp.slurm复制过来(执行cp /public/home/wangyg3/apprepo/vasp/6.3.2-optcell_intelmpi2017_hdf5_libxc/case/vasp.slurm ./ 不同应用、不同账号路径有所不同，请以具体情况为准 )，此时工作目录下有5个文件分别为INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS、vasp.slurm，提交脚本中的使用资源情况可根据算例情况自行修改。

2.3 提交作业

提交作业命令：sbatch vasp.slurm （提交后会有作业号生成）

说明：所有软件都支持命令行提交，但提交方式需要用户有一定的linux环境使用经验，熟悉slurm作业调度系统.

注意：作业完成后会自动终止运行，无需手动进行取消操作，且作业结束后将停止计费。

提交作业后，可在作业管理栏查看作业状态，具体见作业管理部分讲述。