命令行提交作业

本章主要介绍如何使用命令行eshell进行输入文件的上传，脚本的修改以及作业的提交等操作。

一、上传输入文件

可通过以下三种方式快速上传计算所需的输入文件

1. 将计算所需的输入文件拖入E-shell命令行区域

2. 使用rz上传命令，上传输入文件。（注：rz命令仅能上传10MB以下的文件）

3. 使用平台的文件管理进行上传，具体操作如下

打开控制台>文件管理，参考如下图：

选择需要上传到哪个资源，点击上传>选择上传方式>选择本地电脑需要上传的文件>点击打开即可上传文件

更多上传文件方式您可以参考新手指南->上传算例或输入文件，以及进阶指南->文件管理进阶

二、修改脚本

脚本分为普通脚本与图形脚本，本节将以vasp脚本为例，讲述普通脚本如何修改，以starccm图形脚本为例，讲述图形脚本如何修改。

脚本获取方法一：自助购买软件，下单所需软件后，脚本路径为：~/apprepo/软件名/软件版本/case/软件名.slurm（例如：~/apprepo/vasp/6.3.2-optcell_intelmpi2017_hdf5_libxc/case/vasp.slurm）

脚本获取方法二：自定义安装软件，安装完成后咨询在线工程师，编写脚本

1. 普通脚本（以自助下单的vasp为例）

进入输入文件所在的文件夹，需执行复制脚本命令，将脚本与输入文件放置到同一文件夹下：cp 脚本路径 ./

例如：cp /public/home/wangyg3/apprepo/vasp/6.3.2-optcell_intelmpi2017_hdf5_libxc/case/vasp.slurm ./

复制后，执行查看文件夹下文件命令进行检查：ls

执行命令查看脚本内容：vi 脚本名

脚本内容：

参数	含义	举例
-J	作业名	-J vasp
-N	提交作业的节点数	-N 1
--ntasks-per-node=	每节点所用核心数境	--ntasks-per-node=32
-p	队列名	-p kshcnormal
module purge	清理当前加载的所有环境	module purge
source	执行文件	source env.sh

2. 图形脚本（以starccm图形脚本为例）

进入作业提交。

创建Linux图形。

在图形管理那一栏，复制相应的主机号和端口。这边复制为vadmin32:2。注意：每次开启的都不一样。

修改下面的脚本，将下面的脚本中的vadmin30:1改为复制的vadmin32:2：

#!/bin/bash
#SBATCH -J starccm+           # 作业的名称 可根据需要自行命名
#SBATCH -p xahcnormal         # 在指定分区中分配资源，根据所拥有的资源修改
#SBATCH -N 1                  # 申请的节点数1个
#SBATCH --ntasks-per-node=32  # 每个节点运行4个任务，使用4个核心

export DISPLAY=vadmin30:1

APP="/work/home/jsyadmin/apprepo/starccmplus/17.06.007-none/app/17.06.007-R8/STAR-CCM+17.06.007-R8/star/bin/starccm+ -power -mesa"

WDIR=`pwd`   #获取当前目录
cd $WDIR

NP=$SLURM_NPROCS
NNODE=`srun hostname |sort |uniq | wc -l`
LOG_FILE=$WDIR/job_${NP}c_${NNODE}n_$SLURM_JOB_ID.log
HOSTFILE=$WDIR/hosts_$SLURM_JOB_ID
srun hostname |sort |uniq -c |awk '{printf "%s:%s\n",$2,$1}' > $HOSTFILE

###############运行主程序
$APP  -machinefile $HOSTFILE -np $NP -rsh ssh  -mpidriver intel

将脚本中的APP后面的路径，改成个人的starccm+的启动路径。

三、提交作业

集群上面推荐是使用slurm命令和slurm脚本提交作业。

1、使用sbatch命令提交作业

准备好输入文件和slurm脚本。

使用命令sbatch slurm脚本名提交作业。

sbatch vasp.slurm  #脚本名可以换成自己的脚本名

2、查看作业运行状态

使用命令squeue查看作业运行状态。

squeue

3、取消作业

先通过squeue查看JOBID，如上图JOBID为27532270，使用命令scancel JOBID取消作业。

scancel 27532270

再次查看作业已经取消。