命令行方式

一、命令行[E-Shell]介绍

E-Shell是一个web版的linux终端，如下图所示：

• 点击设置按钮（①） 可以设置您的主题、字体及字号大小；

• 如果遇到命令执行卡顿，可以通过节点选择按钮（②）切换登录节点；

• 调度器命令（③） 和快捷键 （④） 中提供了SLURM常用命令、组合键快捷操作；

• 如果遇到ssh登录问题，可以通过 恢复环境（⑤）后再尝试登录；

• 点击问号按钮（⑥），查看E-Shell帮助文档；

• 点击客服按钮（⑦）进行在线咨询联系我们。

您可以在E-Shell中提交作业，我们在您的主目录下预先放置了job_example，其中包含了不同应用的提交模板，也可以通过sbatch命令提交作业。

提交作业后，可通过作业管理进行查看，当前作业列表显示了正在运行或排队中的作业。

点击一条作业ID或作业名可查看作业详情，对已运行或已完成的作业可点击作业日志实时预览日志。

二、命令行提交作业

1. 使用已部署软件提交作业

为方便使用，集群通过modules工具统一管理环境变量，可以在E-Shell中使用module相关命令查看、设置与调用所需要的软件环境等。下面为大家介绍如何使用modules工具加载已经部署的软件。

命令	含义	举例
module avail	查看中心部署的所有环境	module avail
module load modulefile	加载名为 modulefile 的环境	module load compiler/devtoolset/7.3.1
module list	列出当前加载的环境	module list
module unload modulefile	不加载名为 modulefile 的环境	module unload compiler/devtoolset/7.3.1
module show modulefile	查看 modulefile 的具体信息	module show compiler/devtoolset/7.3.1
module purge	清理当前加载的所有环境	module purge

注意：

(1) module 命令可搭配作业提交脚本使用，把需要加载的环境直接写到作业脚本中去，避免环境冲突；

(2) module 其他参数可使用module -H/--help 查看

以集群部署的abinit为例提交作业

（1）点击“控制台>快捷入口>命令行”，进入命令行终端。

（2）使用作业脚本提交一个2节点（-N 2）、每个节点32核（--ntasks-per-node=32）、在 kshctest 队列上运行的作业，脚本名称可设为abinit.slurm，

编辑脚本：vi abinit.slurm，然后写入以下脚本内容:

#!/bin/bash
#!/bin/bash
#SBATCH -J abinit
#SBATCH -p kshctest
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=32

module purge
module load compiler/intel/2017.5.239 mpi/hpcx/2.4.1/intel-2017.5.239
module load apps/abinit/8.10.3/hpcx-2.4.1-intel2017
srun  --mpi=pmix_v3 abinit < example.in

参数	含义
-J abinit	指定作业名为 abinit
-p kshctest	指定使用队列为 kshctest
-N 2	申请两个计算节点
--ntasks-per-node=32	每个节点使用 32 核
module purge	清理当前环境，避免环境冲突
module load compiler/intel/2017.5.239	加载使用的软件以及编译软件使用的环境
mpi/hpcx/2.4.1/intel-2017.5.239	同上
module load apps/abinit/8.10.3/hpcx-2.4.1-intel2017	同上
srun abinit < example.in	并行运行命令
--mpi=pmix_v3	hpcx 的通信初始化参数
abinit	软件执行程序的名字
example.in	需要计算的输入文件（算例）名字

注意：

(1) -J、-p、-N、--ntasks-per-node=32 为slurm调度参数，更多调度命令可使用sbatch --help命令查看；

(2) slurm 脚本中的命令依次执行，提交作业时需把脚本和输入文件放在相同文件夹，并在该文件夹下提交作业；

(3) 该示例以昆山中心为准，其他中心资源请根据实际对应修改队列、核数和软件环境等；

(4) 上述演示为命令行提交作业方式，除此之外还有模板提交和图形提交两种方式（需软件自身支持），具体见“其他作业提交方式”；

(5) 以上为开源部署软件使用方法，常用商业软件（如 VASP、Material Studio、Gaussian）均可正常在计算服务平台上使用，若使用这类商业软件，需提前购买版权以获取使用许可，上传安装包后可在微信群内联系工程师协助完成软件的安装和测试。

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看Slurm作业调度系统。

2. 使用未部署软件提交作业

商城没有的软件需要您通过文件管理上传软件的linux版本的安装包到您的账号中，截图上传路径发给用户群的工程师，工程师会帮您安装并按照您的需求配置，配置完成以后告知您使用方法。