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命令行方式

一、命令行[E-Shell]介绍

E-Shell是一个web版的linux终端,如下图所示: 1.png

  • 点击设置按钮(①) 可以设置您的主题、字体及字号大小;

  • 如果遇到命令执行卡顿,可以通过节点选择按钮(②)切换登录节点;

  • 调度器命令(③) 和快捷键 (④) 中提供了SLURM常用命令、组合键快捷操作;

  • 如果遇到ssh登录问题,可以通过 恢复环境(⑤)后再尝试登录;

  • 点击问号按钮(⑥),查看E-Shell帮助文档;

  • 点击客服按钮(⑦)进行在线咨询联系我们。

您可以在E-Shell中提交作业,我们在您的主目录下预先放置了job_example,其中包含了不同应用的提交模板,也可以通过sbatch命令提交作业。 2.png

提交作业后,可通过作业管理进行查看,当前作业列表显示了正在运行或排队中的作业。

3.png

点击一条作业ID或作业名可查看作业详情,对已运行或已完成的作业可点击作业日志实时预览日志。

4.png

二、命令行提交作业

1. 使用已部署软件提交作业

为方便使用,集群通过modules工具统一管理环境变量,可以在E-Shell中使用module相关命令查看、设置与调用所需要的软件环境等。下面为大家介绍如何使用modules工具加载已经部署的软件。

命令含义举例
module avail查看中心部署的所有环境module avail
module load modulefile加载名为 modulefile 的环境module load compiler/devtoolset/7.3.1
module list列出当前加载的环境module list
module unload modulefile不加载名为 modulefile 的环境module unload compiler/devtoolset/7.3.1
module show modulefile查看 modulefile 的具体信息module show compiler/devtoolset/7.3.1
module purge清理当前加载的所有环境module purge

注意:

(1) module 命令可搭配作业提交脚本使用,把需要加载的环境直接写到作业脚本中去,避免环境冲突;

(2) module 其他参数可使用module -H/--help 查看

以集群部署的abinit为例提交作业

(1)点击“控制台>快捷入口>命令行”,进入命令行终端。

(2)使用作业脚本提交一个2节点(-N 2)、每个节点32核(--ntasks-per-node=32)、在 kshctest 队列上运行的作业,脚本名称可设为abinit.slurm,

编辑脚本:vi abinit.slurm,然后写入以下脚本内容:

shell
#!/bin/bash
#!/bin/bash
#SBATCH -J abinit
#SBATCH -p kshctest
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=32

module purge
module load compiler/intel/2017.5.239 mpi/hpcx/2.4.1/intel-2017.5.239
module load apps/abinit/8.10.3/hpcx-2.4.1-intel2017
srun  --mpi=pmix_v3 abinit < example.in
参数含义
-J abinit指定作业名为 abinit
-p kshctest指定使用队列为 kshctest
-N 2申请两个计算节点
--ntasks-per-node=32每个节点使用 32 核
module purge清理当前环境,避免环境冲突
module load compiler/intel/2017.5.239加载使用的软件以及编译软件使用的环境
mpi/hpcx/2.4.1/intel-2017.5.239同上
module load apps/abinit/8.10.3/hpcx-2.4.1-intel2017同上
srun abinit < example.in并行运行命令
--mpi=pmix_v3hpcx 的通信初始化参数
abinit软件执行程序的名字
example.in需要计算的输入文件(算例)名字

注意:

(1) -J-p-N--ntasks-per-node=32 为slurm调度参数,更多调度命令可使用sbatch --help命令查看;

(2) slurm 脚本中的命令依次执行,提交作业时需把脚本和输入文件放在相同文件夹,并在该文件夹下提交作业;

(3) 该示例以昆山中心为准,其他中心资源请根据实际对应修改队列、核数和软件环境等;

(4) 上述演示为命令行提交作业方式,除此之外还有模板提交和图形提交两种方式(需软件自身支持),具体见“其他作业提交方式”;

(5) 以上为开源部署软件使用方法,常用商业软件(如 VASP、Material Studio、Gaussian)均可正常在计算服务平台上使用,若使用这类商业软件,需提前购买版权以获取使用许可,上传安装包后可在微信群内联系工程师协助完成软件的安装和测试。

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看Slurm作业调度系统

2. 使用未部署软件提交作业

平台没有部署的软件需要您根据文件管理中介绍的方法上传安装包到您的账号下,截图上传路径发给用户群的工程师,工程师会帮您安装并按照您的需求配置,配置完成以后告知您使用方法。