运行第一个科学计算作业

本教程以vasp软件为例，介绍如何从零开始在超算平台上运行模型优化计算任务。

一、 注册/登录

在超算互联网平台 https://www.scnet.cn 注册账号并登录，点击右上角“登录/注册账号”；如果您已拥有账号，直接登录即可。

二、 选购算力资源

点击首页的“算力市场”菜单，进入算力检索列表，根据需求选择算力资源，若已经开通资源可直接进行下一步。

注：vasp计算资源可选择高性能计算资源。

三、 选择应用

点击首页的“应用商城”菜单，通过搜索框，输入关键词检索应用软件，根据需求选择应用及版本点击立即使用。

点击立即使用后,进入资源配置过程，稍等1分钟受理完成，点击下方查看，可进入命令行查看软件安装配置详情。受理完成以后可以点击命令行进入作业提交界面，该界面下方为当前应用的相关信息，如启动路径、环境变量、算例示例（算例示例中的vasp.slurm是vasp提交脚本）。

详细查看步骤如下：

四、 命令行运行 vasp 任务

本案例使用vasp优化Cu模型来进行演示，任务运行约需5min。

1. 准备输入文件及脚本

进行VASP优化计算时，需要准备以下五个关键文件：

POSCAR：文件提供了计算模型的原子结构信息，包括晶胞参数和各原子的坐标位置，是VASP进行结构分析和优化的主体。

INCAR：文件定义了VASP计算的任务类型及计算参数，指导VASP进行何种物理性质的计算以及如何执行这些计算。

KPOINTS：文件包含了计算所需的K点网格信息，K点是在布里渊区内对电子态进行采样的点。

POTCAR：文件包含了计算过程中每个原子所使用的赝势信息。

提交脚本：命令行运行VASP计算，需要编写一个提交脚本（可以使用第三步算例示例路径下/public/home/wangyg3/apprepo/vasp/6.3.2-optcell_intelmpi2017_hdf5_libxc/case的vasp.slurm脚本），该脚本包含了调用计算所需资源和环境、运行VASP可执行文件等相关内容，可使用该脚本投递作业到脚本中指定的计算资源。

2. 上传输入文件

打开控制台>文件管理，参考如下图：

选择需要上传到哪个资源>点击上传>选择上传方式>选择本地电脑需要上传的文件>点击打开即可上传文件

3. 提交作业

从文件传输进去到输入文件所在位置

将提交脚本vasp.slurm复制过来(执行cp /public/home/wangyg3/apprepo/vasp/6.3.2-optcell_intelmpi2017_hdf5_libxc/case/vasp.slurm ./ 不同应用、不同账号路径有所不同，请以具体情况为准 )，此时工作目录下有5个文件分别为INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS、vasp.slurm，提交脚本中的使用资源情况可根据算例情况自行修改。

提交作业命令：sbatch vasp.slurm （提交后会有作业号生成）

温馨提示：脚本需要跟输入文件放在相同路径，再提交计算，避免任务失败.

脚本内容：

五、 作业状态查看

命令行查看作业状态命令：squeue（R是运行中，PD是排队，作业结束后不再显示）

查看实时输出：tail -f OUTCAR

如果要取消作业，可用命令：scancel 作业号（作业号为执行squeue后jobid下面的数字）

查看结构是否收敛：grep reach OUTCAR

OUTCAR文件中有“reached required accuracy - stopping structural energy minimisation”这一行，说明计算收敛结束。 具体步骤见下图：

补充：

控制台>作业管理也可进行作业状态查看，查看如下图：

控制台>作业管理>取消运行，方法如下图：

六、 计算结果文件下载

打开控制台>文件管理，参考如下图：

选择需要下载结果所在的计算资源>进去结果所在路径>选择需要下载的文件>点击下载>选择下载方式即可下载结果文件到本地。

注：10M以内的文件也可通过在命令行执行sz或者rz进行上传下载（sz表示下载，rz表示上传）