Lammps软件使用说明

本文主要介绍如何在超算互联网商城使用Lammps软件。

1 查找软件

在商城首页输入软件名搜索软件，点击需要使用的软件卡片进入软件商品界面，选择软件版本以及资源配置区域，阅读并同意《服务协议》，点击“立即使用”等待配置完成可以使用该软件；已经使用过的软件会在规格的右上角有一个绿色的“已使用”标识，点击“去使用”可直接使用该软件。

已经使用过的软件亦可以选择其他可用区域开通软件，或点击“已开通”后面的提交作业方式直接使用。

2 使用软件

2.1 登录简介

点击“命令行”图标后进入eshell界面，从商城的“命令行”进入终端，终端会显示商品自带的软件应用版本、环境变量和启动路径信息。由启动路径可以得到软件部署的位置。（注：实际使用中请根据下方红框内提供的算例示例进入对应路径。）

2.2 目录结构

本产品软件安装目录为 ~/apprepo/lammps/2Aug2023-intelmpi2018，包含app（除快速安装软件外）、case、install.log、scripts四个子目录，其中app包含应用软件主体和依赖库；case包含相关运行算例、作业日志、作业提交脚本等信息；install.log为LAMMPS安装日志，scripts为软件环境变量。目录结构如下：
.
├── app # 应用软件主体和依赖库
│ ├── . . .
├── case # 可运行算例、脚本
│ ├── lammps.slurm # slurm脚本文件
│ ├── slurm-7016471.out # 运行日志
│ └── . . .
├── install.log # QE安装日志
└── scripts # 应用环境变量
├── env.sh
└── lammps-2Aug2023-intelmpi2018

2.3 作业提交

资源调用逻辑如下：用户在登录节点执行脚本，脚本将自动申请计算资源，并在该计算资源上运行计算指令，并将计算结果实时同步到当前目录下。

我们已经为您提供完整的使用脚本：

（1）执行cd ~/apprepo/lammps/2Aug2023-intelmpi2018进入软件部署目录，在目录下的case文件夹中有软件对应的提交脚本。

（2）输入whichpartition可以查询可用队列，复制选中合适的队列名称，这里选择了“xahcnormal”，并打开脚本lammps.slurm进行脚本文件的修改。

（3）替换脚本lammps.slurm中的队列名称为复制好的队列名称，并根据自己的需求更改脚本的配置信息。

（4）如果您需要进行其他修改可参考如下命令：

参数	含义
-J abinit	指定作业名为abinit
-p kshctest	指定使用队列为kshctest
-N 2	申请两个计算节点
--ntasks-per-node=32	每个节点使用32核
module purge	清理当前环境，避免环境冲突
module load compiler/intel/2017.5.239	加载使用的软件以及编译软件使用的环境
module load mpi/hpcx/2.4.1/intel-2017.5.239	加载使用的软件以及编译软件使用的环境
module load apps/abinit/8.10.3/hpcx-2.4.1-intel2017	加载使用的软件以及编译软件使用的环境

注意：

1. -J、-p、-N、--ntasks-per-node=32为slurm调度参数，更多调度命令可使用sbatch --help命令查看；
   
2. slurm脚本中的命令依次执行，提交作业时需把脚本和输入文件放在相同文件夹，并在该文件夹下提交作业；
   
3. 该示例以仅供参考，其他中心资源请根据实际对应修改队列、核数和软件环境等；
   
4. 上述描述为命令行提交作业方式，除此之外还有模板提交和图形提交两种方式（需软件自身支持），具体见“其他作业提交方式”。
   

2.4 作业提交与结果查看

（1）确认环境变量、修改好脚本后保存退出，使用sbatch lammps.slurm提交作业，并通过squeue查看作业的运行状态。

（2）任务完成后作业会自动结束，并在当前目录生成日志文件slurm-作业号.out或使用tail -f slurm-作业号.out实时查看。

（3）打开slurm-11398982.out查看作业的日志输出以及检查是否正常结束。

（4）另外可参考如下常用指令进行作业管理：

命令	含义	简单示例
sbatch	批量提交作业命令，后面跟脚本文件	sbatch xxx.sh
squeue	查看目前提交作业的信息	squeue（可显示作业号、作业状态等）
salloc	占用空闲计算资源命令	salloc -p kshctest -N 1 -n 32
scontrol	查看正在计算作业信息	scontrol show job jobid
scancel	取消作业	scancel jobid
sacct	查看历史作业	sacct -j jobid -X -o elapsed,state,nodelist

注意：请不要在登录节点（login）上直接运行作业计算（编译等日常操作除外），以免影响您的作业正常运行。

3 常见问题

（1）报错：Pair hybrid sub-style is not used 解决思路：这是因为pair_style设置了多个混合势函数，但是pair_coeff中漏掉某个势函数的参数，需要自行添加pair_coeff。如：>>>pair_coeff * * tersoff SiC.tersoff Si C。

（2）重启续算报错：ERROR: Invalid flag in header section of restart file

解决思路：对比续算前后是否版本一致，需要保持版本一致。

（3）lammps报错：Neighbor list overflow, boost neigh_modify one，本地电脑可以计算，集群不可以

解决思路：可尝试降低版本（如lammps23 Oct 2017），或者保持和本地一致的版本。

（4）lammps-reaxff报错：hbondchk failed: H=0 end(H)=6400 str(H+1)=25 解决思路：这通常是由于当前步长下需要计算的原子超出了容量，有以下解决经验：1）尝试使用omp包，mpirun -np 8 lmp_mpi -sf omp -pk omp 8 -i in.lmp；2）修改in.lmp，加入reax参数safezone和mincap，pair_style后面加上safezone 1.2 mincap 50。