Beast软件使用说明

本文主要介绍如何在超算互联网商城使用Beast软件。

1 查找软件

在商城首页输入软件名搜索软件，点击需要使用的软件卡片进入软件商品界面，选择软件版本以及资源配置区域，阅读并同意《服务协议》，点击“立即使用”等待配置完成可以使用该软件；已经使用过的软件会在规格的右上角有一个绿色的“已使用”标识，点击“去使用”可直接使用该软件。

已经使用过的软件亦可以选择其他可用区域开通软件，或点击“已开通”后面的提交作业方式直接使用。

2 使用软件

2.1 登录简介

（1）点击“命令行”图标后进入eshell界面，从商城的“命令行”进入终端，终端会显示商品自带的软件应用版本、环境变量和启动路径信息。由启动路径可以得到软件部署的位置。（#注：实际使用中请根据下方红框内提供的算例示例进入对应路径。）

2.2 目录结构

产品软件安装目录为 ~/apprepo/beast/2.7.5-none/，包含app、case、install.log、scripts四个子目录，其中app包含应用软件主体和依赖库；case 包含相关运行算例、作业日志、作业提交脚本等信息；install.log 为beast安装目录，scripts 为软件环境变量。目录结构如下：
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├── app # 应用软件主体和依赖库
│ ├── beast
├── case # 可运行算例、脚本
│ ├── beast.slurm # slurm脚本文件
│ ├── slurm-52597107.out # 运行日志
│ ├── testRNA.log
│ ├── testRNA.trees
│ ├── testRNA.xml #测试文件
│ └── testRNA.xml.state
├── doc
│ └── README.md
├── install.log #beast安装日志
├── scripts
│ ├── beast-2.7.5-none
│ └── env.sh # 应用环境变量
└── source
└── BEAST.v2.7.5.Linux.x86.tgz

2.3 作业提交

资源调用逻辑如下：用户在登录节点执行脚本，脚本将自动申请计算资源，并在该计算资源上运行计算指令，并将计算结果实时同步到当前目录下。

我们已经为您提供完整的使用脚本：

（1）执行cd ~/apprepo/beast/2.7.5-none进入软件部署目录，在目录下的case 文件夹中有软件对应的提交脚本。

（2）输入whichpartition可以查询可用队列，复制选中合适的队列名称，这里选择了“kshcnormal”，并打开脚本beast.slurm进行脚本文件的修改。

（3）创建/打开图形桌面，在AC首页-图形桌面中点击Linux桌面，选择对应的中心区域，然后打开图形/创建图形。

可以在已创建图形中看到一个端口号，例如这里是vncsever02:13，需要在beast.slurm脚本中修改export DISPLAY=vncserver02：13为对应的端口号。

替换脚本beast.slurm中的队列名称为已有的队列名称、修改端口号为新建桌面图形的端口号，并根据自己的需求更改脚本的配置信息。

（4）如果您需要进行其他修改可参考如下命令：

参数	含义
-J BEAST-2.7.5	指定作业名为BEAST-2.7.5
-p kshcnormal	指定使用队列为kshcnormal
-N 1	申请一个计算节点
--ntasks-per-node=5	每个节点使用5核
module purge	清理当前环境，避免环境冲突
source ../scripts/env.sh	加载已设置好的环境
beast	可执行程序的名字
TestRNA.xml	需要计算的输入文件名字

注意：

1. -J、-p、-N、--ntasks-per-node=5为slurm调度参数，更多调度命令可使用sbatch --help命令查看；
   
2. slurm脚本中的命令依次执行，提交作业时需把脚本和输入文件放在相同文件夹，并在该文件夹下提交作业；
   
3. 该示例仅展示作用，其他中心资源请根据实际对应修改队列、核数和软件环境等；
   
4. 上述描述为命令行提交作业方式，除此之外还有模板提交和图形提交两种方式（需软件自身支持），具体见“其他作业提交方式”；
   
5. 以上为开源部署软件使用方法，常用商业软件（如 VASP、Material Studio、Gaussian）均可正常在计算服务平台上使用，若使用这类商业软件，需提前购买版权以获取使用许可，上传安装包后可在微信群内联系工程师协助完成软件的安装和测试。
   

2.4 作业提交与结果查看

（1）确认环境变量、修改好脚本后保存退出，使用sbatch beast.slurm提交作业，并通过squeue查看作业的运行状态。

（2）任务完成后作业会自动结束，并在当前目录生成日志文件slurm-作业号.out或使用tail -f slurm-作业号.out 实时查看。

（3）打开slurm-7714386.out查看作业的日志输出以及检查是否正常结束。

（4）另外可参考如下常用指令进行作业管理：

命令	含义	简单示例
sbatch	批量提交作业命令，后面跟脚本文件	sbatch xxx.sh
squeue	查看目前提交作业的信息	squeue（可显示作业号、作业状态等）
salloc	占用空闲计算资源命令	salloc -p kshctest -N 1 -n 32
scontrol	查看正在计算作业信息	scontrol show job jobid
scancel	取消作业	scancel jobid
sacct	查看历史作业	sacct -j jobid -X -o elapsed,state,nodelist

注意：请不要在登录节点（login）上直接运行作业计算（编译等日常操作除外），以免影响您的作业正常运行。