Amber软件使用说明

本文主要介绍如何在超算互联网商城购买和使用Amber软件。

1 购买商品

1.1 第一次购买软件

(1) 点击“开通区域>立即购买”在选择的区域部署软件。

（2）点击“立即购买”之后进入支付页面，点击“去支付”阅读《服务协议》后“同意并支付”。

（3）点击“查看我的订单”查看软件部署进度。

（4）等待安装完成后，点击“命令行”使用软件。

1.2 使用已经购买过的软件

(1) 已经购买过的软件会在规格的右上角有一个绿色的“已购”标识，点击“去使用”可以直接使用本软件。

(2) 已经购买的软件可以选择其他“已经购买资源的区域”开通软件，或点击“命令行”在已经开通软件的区域直接使用。

2 使用软件

2.1 登录简介

点击“命令行”图标后进入eshell界面，从商城的“命令行”进入终端，终端会显示商品自带的软件应用版本、环境变量和启动路径信息。由启动路径可以得到软件部署的位置。（注：实际使用中请根据下方红框内提供的算例示例进入对应路径。）

2.2 目录结构

本产品软件安装目录为 ~/apprepo/amber/2018-hpcx_gcc_7.3.1，包含app（除快速安装软件外）、case、install.log、scripts四个子目录，其中app包含应用软件主体和依赖库；case包含相关运行算例、作业日志、作业提交脚本等信息；install.log为AMBER安装日志，scripts为软件环境变量。目录结构如下：
.
├── app # 应用软件主体和依赖库
│ ├── . . .
├── case # 可运行算例、脚本
│ ├── AMBER.slurm # slurm脚本文件
│ ├── mdout # 运行日志
│ └── . . .
├── install.log # AMBER安装日志
└── scripts # 应用环境变量
├── env.sh
└── amber-2018-hpcx_gcc_7.3.1

2.3 作业提交

资源调用逻辑如下：用户在登录节点执行脚本，脚本将自动申请计算资源，并在该计算资源上运行计算指令，并将计算结果实时同步到当前目录下。

我们已经为您提供完整的使用脚本：

(1) 执行cd ~/apprepo/amber/2018-hpcx_gcc_7.3.1进入软件部署目录，在目录下的case文件夹中有软件对应的提交脚本。

(2) 输入whichpartition可以查询可用队列，复制选中合适的队列名称，这里选择了“xahcnormal”，并打开脚本AMBER.slurm进行脚本文件的修改。

(3) 替换脚本AMBER.slurm中的队列名称为复制好的队列名称，并根据自己的需求更改脚本的配置信息。

(4) 如果您需要进行其他修改可参考如下命令：

参数	含义
-J amber	指定作业名为amber
-p xahcnormal	指定使用队列为xahcnormal
-N 1	申请一个计算节点
--ntasks-per-node=30	每个节点使用60核
module purge	清理当前环境，避免环境冲突
module load compiler/devtoolset/7.3.1	加载使用的软件以及编译软件使用的环境
module load mpi/hpcx/gcc-7.3.1	加载使用的软件以及编译软件使用的环境
srun	并行运行命令
--mpi=pmix_v3	hpcx的通信初始化参数
pmemd.MPI	软件执行程序的名字
-O -i mdin -c md12.x	需要计算的输入命令

注意：
1） -J、-p、-N、--ntasks-per-node=32为slurm调度参数，更多调度命令可使用sbatch --help命令查看；
2） slurm脚本中的命令依次执行，提交作业时需把脚本和输入文件放在相同文件夹，并在该文件夹下提交作业；
3） 该示例以仅供参考，其他中心资源请根据实际对应修改队列、核数和软件环境等；
4） 上述描述为命令行提交作业方式，除此之外还有模板提交和图形提交两种方式（需软件自身支持），具体见“其他作业提交方式”。

2.4 作业提交与结果查看

(1) 确认环境变量、修改好脚本后保存退出，sbatch AMBER.slurm 提交作业，并通过squeue 查看作业的运行状态。

(2) 任务完成后作业会自动结束，并在当前目录生成日志文件mdout或使用tail -f mdout实时查看。

(3) 打开mdout查看作业的日志输出以及检查是否正常结束。

(4) 另外可参考如下常用指令进行作业管理：

命令	含义	简单示例
sbatch	批量提交作业命令，后面跟脚本文件	sbatch xxx.sh
squeue	查看目前提交作业的信息	squeue（可显示作业号、作业状态等）
salloc	占用空闲计算资源命令	salloc -p kshctest -N 1 -n 32
scontrol	查看正在计算作业信息	scontrol show job jobid
scancel	取消作业	scancel jobid
sacct	查看历史作业	sacct -j jobid -X -o elapsed,state,nodelist

注意：请不要在登录节点（login）上直接运行作业计算（编译等日常操作除外），以免影响您的作业正常运行。