Gromacs软件使用说明

本文主要介绍如何在超算互联网商城使用Gromacs软件。

1 查找软件

在商城首页输入软件名搜索软件，点击需要使用的软件卡片进入软件商品界面，选择软件版本以及资源配置区域，阅读并同意《服务协议》，点击“立即使用”等待配置完成可以使用该软件；已经使用过的软件会在规格的右上角有一个绿色的“已使用”标识，点击“去使用”可直接使用该软件。

已经使用过的软件亦可以选择其他可用区域开通软件，或点击“已开通”后面的提交作业方式直接使用。

2 使用软件

2.1 登录简介

点击“命令行”图标后进入eshell界面，从商城的“命令行”进入终端，终端会显示商品自带的软件应用版本、环境变量和启动路径信息。由启动路径可以得到软件部署的位置。（注：实际使用中请根据下方红框内提供的算例示例进入对应路径。）

2.2 目录结构

本产品软件安装目录为 ~/apprepo/gromacs/2020.6-gcc7.3.1_intelmpi21/，包含app（除快速安装软件外）、case、install.log、scripts四个子目录，其中app包含应用软件主体和依赖库；case包含相关运行算例、作业日志、作业提交脚本等信息；install.log为GROMACS安装日志，scripts为软件环境变量。目录结构如下：
.
├── app # 应用软件主体和依赖库
│ ├── . . .
├── case # 可运行算例、脚本
│ ├── gromacs.slurm # slurm脚本文件
│ ├── slurm-7016471.out # 运行日志
│ └── . . .
├── install.log # GROMACS安装日志
└── scripts # 应用环境变量
├── env.sh
└── post.sh

2.3 作业提交

资源调用逻辑如下：用户在登录节点执行脚本，脚本将自动申请计算资源，并在该计算资源上运行计算指令，并将计算结果实时同步到当前目录下。

我们已经为您提供完整的使用脚本：

(1) 执行cd ~/apprepo/gromacs/2020.6-gcc7.3.1_intelmpi21/进入软件部署目录，在目录下的case文件夹中有软件对应的提交脚本。

(2) 输入whichpartition可以查询可用队列，复制选中合适的队列名称，这里选择了“xahcnormal”，并打开脚本gromacs.slurm进行脚本文件的修改。

(3) 替换脚本gromacs.slurm中的队列名称为复制好的队列名称，并根据自己的需求更改脚本的配置信息。

(4) 如果您需要进行其他修改可参考如下命令：

参数	含义
-J gromacs	指定作业名为gromacs
-p xahcnormal	指定使用队列为xahcnormal
-N 2	申请两个计算节点
--ntasks-per-node=32	每个节点使用32核

注意：
1） -J、-p、-N、--ntasks-per-node=32为slurm调度参数，更多调度命令可使用sbatch --help命令查看；
2） slurm脚本中的命令依次执行，提交作业时需把脚本和输入文件放在相同文件夹，并在该文件夹下提交作业；
3） 该示例以仅供参考，其他中心资源请根据实际对应修改队列、核数和软件环境等；
4） 上述描述为命令行提交作业方式，除此之外还有模板提交和图形提交两种方式（需软件自身支持），具体见“其他作业提交方式”。

2.4 作业提交与结果查看

(1) 确认环境变量、修改好脚本后保存退出，sbatch gromacs.slurm 提交作业，并通过squeue 查看作业的运行状态。

(2) 任务完成后作业会自动结束，并在当前目录生成日志文件slurm-作业号.out或使用tail -f slurm-作业号.out实时查看。

(3) 打开slurm-11087910.out查看作业的日志输出以及检查是否正常结束。

(4) 另外可参考如下常用指令进行作业管理：

命令	含义	简单示例
sbatch	批量提交作业命令，后面跟脚本文件	sbatch xxx.sh
squeue	查看目前提交作业的信息	squeue（可显示作业号、作业状态等）
salloc	占用空闲计算资源命令	salloc -p kshctest -N 1 -n 32
scontrol	查看正在计算作业信息	scontrol show job jobid
scancel	取消作业	scancel jobid
sacct	查看历史作业	sacct -j jobid -X -o elapsed,state,nodelist

注意：请不要在登录节点（login）上直接运行作业计算（编译等日常操作除外），以免影响您的作业正常运行。

3 常见问题

（1）gromacs力场文件放到哪里？

解决思路：自行准备的gromacs力场文件可以拷贝至top目录下，如：~/apprepo/gromacs/2022.2-hpcx_gcc7.3.1/app/share/gromacs/top/gromos54a7_atb.ff。

（2）gromacs-dcu/gpu报错：PME GPU does not support PME decomposition

解决思路：脚本中写入pme方法，需要单独指定-npme 1。如：>>> mpirun --allow-run-as-root -np 4 gmx_mpi mdrun -ntomp 7 -nb gpu -pme gpu -npme 1 -v -noconfout -deffnm nvt -nsteps 1000000

（3）gromacs报错：There is no domain decomposition for 120 ranks that is compatible with the given box and a minimum cell size of 0.4975 nm

解决思路：可以通过修改gromacs运行核数、加-dds、加-rdd（0-1.0）参数来尝试修正解决，如： 1）mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun -s umbrella7.tpr -deffnm umbrella7 -pf pullf-umbrella7.xvg -px pullx-umbrella7.xvg -v -dds 0.9 2）mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun -s umbrella7.tpr -deffnm umbrella7 -pf pullf-umbrella7.xvg -px pullx-umbrella7.xvg -v -dds 0.5

（4）gromacs报错：setting the number of the thread-MPI ranks is only supported with thread-MPI

解决思路：mpi版本gromacs无需使用-ntmpi参数，使用mpirun即可。如：gmx_mpi mdrun -pin on -ntmpi 4 -ntomp 8 -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -npme 1 -v -deffnm -nsteps 20000应修改为：mpirun -np 4 gmx_mpi mdrun -pin on -ntomp 8 -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -npme 1 -v -deffnm -nsteps 20000